Phobia 2006

Phobia, o terceiro álbum da banda foi, na opinião desta "repórter" o melhor dos álbuns. Apresenta as Playlists:

Intro – 1:14

The Diary of Jane – 3:21

Breath – 3:38

You – 3:22

Evil Angel – 3:41

Until the End – 4:13

Dance with the Devil – 3:47

Topless – 3:03

Unknown Soldier – 3:46

The Diary of Jane (Acoustic) – 3:06 (bonus track)

Had Enough – 3:50

You Fight Me – 3:13

Outro – 2:10

Here We Are – 4:19

A banda obteve o seu primeiro número 1 com "Breath". A montagem do seu desempenho ao vivo no Stabler Arena compõe o seu video. Em 17 de abril de 2007, Breaking Benjamin re-lançou o álbum Phobia. o Álbum apresentou um DVD com cerca de uma hora do seu concerto filmado no Stabler Arena. Eles fizeram uma turnê nos EUA com Three Days Grace e tiveram Red e Puddle of Mudd como shows de abertura. o Album novamente entrou no Billboard 100, no número 38 em 5 de maio de 2007, com sua reedição
Em 29 de junho de 2007, a banda apareceu no Jay Leno e eles tocaram "Breath". Em 6 de julho de 2007, a banda tocou "Breath" novamente no Caig Ferguson. A banda não se apresentou em 9 de julho de 2007 em Atlanta devido a uma doença que Ben tinha. Dois outros concertos encerrando a turne foram cancelados também. Em seu site, eles anunciaram que Burnley estava doente e incapaz de cumprir em Atlanta e em dois shows restantes. Rumores de que a banda tinha acabado se revelou falsa, como a banda anunciou uma turne em outono de 2007 com Three Days Grace, Setheer, Skillet (primeira metade) e Red(Segunda metade).
Em 21 de maio de 2009 Phobia RIAA atingiu o status de Platina, vendendo mais de um milhão de unidades nos EUA.