We Are Not Alone 2004

We Are Not Alone, o segundo álbum, lançado em 2004, veio com menos playlists do que o anterior, Saturate:

So Cold – 4:33

Simple Design – 4:15

Firefly – 3:08

Break My Fall – 3:25

Sooner or Later – 3:39

Breakdown – 3:36

Away – 3:12

Believe – 3:20

Rain – 3:25

Forget It – 3:38

Follow – 3:18

Além de melhorado, o novo álbum contou com a liderança do single "So Cold", que chegou ao número dois no "United States Billboard Mainstream RockChart". "So Cold" passou 37 semanas no top 20 das paradas Billboard (a partir de 3 de fevereiro de 2005). O sucesso comercial de "So Cold" levou a We Are Not Alone estreando em número 20 na Billboard 200 vendendo 48.000 copias na primeira semana e alcançar status platina no final de 2005. Em setembro de 2004, o baterista e co-fundador da banda, Jeremy Hummel foi demitido. Posteriormente, em 28 de setembro de 2005, Hummel entrou em processo federal contra os membros remanescentes de Breaking Benkamin, afirmando que não foi pago pelas músicas que ajudou a escrever. A ação de Hummel pediu mais de 8 milhões de dolares em prejuizos. Um artigo que foi lançado em 25 de outubro de 2006, afirmando que Hummel não recebeu quaisquer pagamentos a partir da realização de We Are Not Alone, no qual ele é co-autor. Ele foi substituído pelo atual baterista, Chad Szeliga.